珊瑚是開展人工魚礁生態體系的重要附著性生物，它們改造人工魚礁平滑的剛硬表面，在其上構築繁複又多重的立體空間，提供各種生物棲息生長，再加上人工魚礁本身內部已打造了大小不一的空間，足以容納眾多的海洋生物，如魚類、甲殼類、棘皮動物與無脊椎動物等在此落居繁殖。
在熱帶的乾淨水域中，珊瑚固著生長的群居型態，在海底逐漸漫延成各色各樣的珊瑚林，由高大的分枝狀珊瑚和低矮以及附著底質生長的珊瑚，組成多層次的立體空間，提供各種生物所需的棲息與庇護場所，形成海洋中生物多樣性最高的生態系。因此，向來有「海中熱帶雨林」之稱。

目前附著在軍艦礁上的珊瑚種類以軟珊瑚居多，它們擁有曼妙多變的面貌，鮮麗的珊瑚群體附著於灰暗的軍艦礁上，迎著海流展示各式體態與姿色，隨著時間的增長，將可以在軍艦礁上擴張為雄偉壯觀的珊瑚礁。
一方面成為沿近海域重要的漁業資源繁殖場，像是魚類中具有食用價值者有洄游性魚類，如烏魚、烏尾冬、龍占與魚參類等；及底棲性魚類：石斑、笛鯛等。另一方面，珊瑚的壯麗與多采多姿的生物，一直都是吸引遊客的焦點所在，為休閒性漁業與潛水旅遊的重要遊憩資源。